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Manual de uso de Makurhini

1 Instalación del paquete Makurhini

1.1 Instalación estandar

  • Depende de R (> 4.0.0), igraph (>= 1.2.6)
install.packages(c("devtools", "remotes"))
library(devtools) 
library(remotes)
install_github("connectscape/Makurhini", dependencies = TRUE, upgrade = "never")

En caso de que no aparezca en la lista de paquetes, cierre la sesión de R y vuelva a abrirla.

Si se produce el siguiente error durante la instalación:

Using github PAT
from envvar GITHUB_PAT Error: Failed to install 'unknown package' from
GitHub: HTTP error 401. Bad credentials

Entonces intenta lo siguiente:

Sys.getenv("GITHUB_PAT") 
Sys.unsetenv("GITHUB_PAT")

1.2 Instalar en Linux

Makurhini en Linux Para instalar Makurhini en linux considere los siguientes pasos:

Utilice la línea de comandos de Linux para instalar el paquete de la unidad:

sudo apt-get install -y libudunits2-dev

Utilice la línea de comandos de Linux para instalar gdal:

sudo apt install libgdal-dev

Utilice la línea de comandos de Linux para instalar libfontconfig y libharfbuzz:

sudo apt install libfontconfig1-dev

sudo apt install libharfbuzz-dev libfribidi-dev

Ahora puede instalar los paquetes devtools y remotes, y los paquetes terra, raster y sf directamente en su R o RStudio.

install.packages(c('remotes', 'devtools', 'terra', 'raster', 'sf'))

Utiliza la línea de comandos de Linux para instalar igraph:

sudo apt-get install libnlopt-dev

sudo apt-get install r-cran-igraph

Ahora puede instalar los paquetes gdistance, graph4lg y ggpubr directamente en su R o RStudio.

install.packages(c('gdistance', 'graph4lg', 'ggpubr'))

Ahora puedes instalar Makurhini directamente en tu R o RStudio.

library(devtools) 
library(remotes) 
install_github("connectscape/Makurhini", dependencies = TRUE, upgrade = "never")

Tenga en cuenta que la instalación de Makurhini en Linux depende de su versión del sistema operativo y de que consiga instalar los paquetes de los que depende Makurhini.