9 Consulta de SNIB registros usando zacatuche y R
9.1 Usando ID valido
Aquí el parámetro buscar_CAT puede ser igual a FALSE, es decir no hace falta consultar al CAT para obtener los id validos porque previamente los obtuve
Tapir <- tryCatch(CAT_SNIB_ENVI$taxon_coordenadas(consulta_SNIB = tapir$Valido.id,
remover_exotica_invasora = TRUE,
remover_duplicados = TRUE,
filtros = list(pais = "MEXICO",
anio_min = NULL,
anio_max = NULL,
rem_novalPais = TRUE,
rem_novalEdo = TRUE,
rem_novalMun = FALSE,
rem_novalLoc = FALSE),
parallel = 4,
intern = FALSE,
messages = FALSE,
tabla_TipoDistribucion = TRUE,
returnCAT = FALSE,
buscar_CAT = FALSE,
save_RDS = NULL), error = function(err)err)9.2 Usando Nombre cientifico
Con esta opción tenemos que dar el valor de TRUE al parámetro buscar_cat para que busqué el id valido.
entrada_consulta <- CAT_SNIB_ENVI$CatalogoClass(taxon = "Tapirus bairdii", reino = "Animalia", categoria_taxonomica = "especie", categoria_busqueda = "especie")
Tapir.2 <- tryCatch(CAT_SNIB_ENVI$taxon_coordenadas(consulta_SNIB = entrada_consulta,
remover_exotica_invasora = TRUE,
remover_duplicados = TRUE,
filtros = list(pais = "MEXICO",
anio_min = NULL,
anio_max = NULL,
rem_novalPais = TRUE,
rem_novalEdo = TRUE,
rem_novalMun = FALSE,
rem_novalLoc = FALSE),
parallel = NULL,
intern = FALSE,
messages = FALSE,
tabla_TipoDistribucion = TRUE,
returnCAT = FALSE,
buscar_CAT = TRUE,
save_RDS = NULL), error = function(err)err)9.3 Podemos buscar varias especies
entrada_consulta <- CAT_SNIB_ENVI$CatalogoClass(taxon = c("Tapirus bairdii", "Manilkara zapota"),
reino = c("Animalia", "Plantae"),
categoria_taxonomica = "especie",
categoria_busqueda = "especie")
varios <- tryCatch(CAT_SNIB_ENVI$taxon_coordenadas(consulta_SNIB = entrada_consulta,
remover_exotica_invasora = TRUE,
remover_duplicados = TRUE,
terrestres = TRUE,
dulceacuicola = TRUE,
marinas = FALSE,
filtros = list(pais = "MEXICO",
anio_min = NULL,
anio_max = NULL,
rem_novalPais = TRUE,
rem_novalEdo = TRUE,
rem_novalMun = FALSE,
rem_novalLoc = FALSE),
parallel = NULL,
intern = FALSE,
messages = FALSE,
tabla_TipoDistribucion = TRUE,
returnCAT = FALSE,
buscar_CAT = TRUE,
save_RDS = NULL), error = function(err)err)9.4 Podemos alterar la busqueda
Ejemplares_query <- CAT_SNIB_ENVI$Consulta_searchEjemplar(DATOS_URL = "http://zacatuche2.conabio.gob.mx:4000/graphql",
idnombrecat = c("id", "taxon"),
taxonValido = c("id", "taxon"),
ejemplar = c("latitud", "longitud", "aniocolecta", "validacionambiente",
"geovalidacion", "exoticainvasora", "nivelprioridad",
"nom059", "iucn", "cites", "endemismo",
"paiscoleccion", "paismapa",
"especie", "especievalida",
"grupobio"))
entrada_consulta <- CAT_SNIB_ENVI$CatalogoClass(taxon = c("Tapirus bairdii", "Manilkara zapota"),
reino = c("Animalia", "Plantae"),
categoria_taxonomica = "especie",
categoria_busqueda = "especie")
varios <- tryCatch(CAT_SNIB_ENVI$taxon_coordenadas(consulta_SNIB = entrada_consulta,
remover_exotica_invasora = TRUE,
remover_duplicados = TRUE,
filtros = list(pais = "MEXICO",
anio_min = NULL,
anio_max = NULL,
rem_novalPais = TRUE,
rem_novalEdo = TRUE,
rem_novalMun = FALSE,
rem_novalLoc = FALSE),
parallel = NULL,
intern = FALSE,
messages = FALSE,
Ejemplares_query = Ejemplares_query,
tabla_TipoDistribucion = TRUE,
returnCAT = FALSE,
buscar_CAT = TRUE,
save_RDS = NULL), error = function(err)err)